成都医学院基础医学学科是成都医学院重点发展学科。2011年，人体解剖与组织胚胎学、病理学与病理生理学2个二级学科硕士学术学位授权点获批，为成都医学院首批硕士学位授权点；2018年获批基础医学一级学科学术学位授权点；2019年新增免疫学、病原生物学2个二级学科招生；2021年自设人体生理学、医学细胞生物学2个二级学科招生，现共6个二级学科方向招生。

基础医学院重视人才在学科建设中的核心作用，抓实人才“引、育、用”工作。近5年，从南加州大学、清华大学等知名学府引进优秀博士（后）12人,柔性国家优秀青年科学基金获得者2人，国家杰出青年科学基金获得者1人。学科现有专任教师71人，其中博士研究生导师6人，硕士研究生导师54人。师资队伍中，高级职称48人，占67.6%，具有博士学位65人，占91.5%。导师队伍中有教育部新世纪优秀人才（2 人）、国务院政府特殊津贴专家（1人）、四川省学术和技术带头人（3人）、四川省教学名师（3人）等各类优秀人才23人。学科独立拥有发育与再生四川省重点实验室、非编码RNA与药物四川省高校重点实验室等4个科研平台，1个国家级虚拟仿真实验教学中心，1个教育部医学人文素质教育基地，1个成都市科普教育基地，同时共享学校重大疾病靶点发现与蛋白药物研发四川省高校重点实验室等8个重要科研平台，为研究生培养提供了良好的教学科研平台保障。在人才培养过程中，学科不断完善校院两级管理制度，在导师培养遴选、招生考试、研究生培养、毕业论文送审等方面不断完善相关制度，使人才培养及质量保障体系建设得以加强。

近5年，获得省部级教学科研成果奖9项，主持国家自然科学基金34项，发表论文435篇，包括在Cell Metab, Neuron等著名期刊发表论文，其中ESI高被引论文6篇。近5年，授位率100%，毕业生就业率100%；所有学位论文均双盲送审，通过率100%，且抽检论文良好率100%。